Ab dem Spieljahr 1964/65 begab sich Eintracht unter die Obhut des BFA Fußball Berlin und kam dort in die Stadtklasse. Dies hatte seine Vorgeschichte: 1963/64 spielte Potsdam mit einer zweiteiligen Bezirksliga, die ab der kommenden Saison auf eine Staffel reduziert werden sollte. Für die sollten sich jeweils die ersten sieben Teams qualifizieren. Eintracht wurde Achter – und unterlag anschließend in der Relegation gegen Vorwärts Potsdam. Den Antrag auf einen „Umzug“ nach Berlin hatte man indes schon lange vorher gestellt. Als Potsdamer Bezirksligist hätte man auch in Berlin in der Bezirksliga spielen können, so aber – als Quasi-Absteiger – wurde man halt nur in die Stadtklasse eingeordnet. In der brauchte man sich fortan vor keinem Gegner zu verstecken. Dann allerdings kam die blamable Saison 1969/70. Nur 15:43 Punkte (und 35:110 Tore) bedeuteten den letzten Platz und den Abstieg in die Kreisklasse. Erst 1974 ging es wieder aufwärts – und zwar im direkten Duell gegen den Lokalrivalen SG Zeuthen. Den besiegte man zum einen im Endspiel um den Kreispokal 1:0 (durch ein Tor von Hansi Exner). Zudem konnte der Nachbar auch in der Meisterschaft auf Rang 2 (mit sechs Punkten Vorsprung) verwiesen werden, womit endlich die Rückkehr in die Bezirkslasse gelang. Zum damaligen Aufgebot gehörten die Spieler Günter Reinke, Gert Bolte, Hilmar Wilde, Dieter und Jürgen Karczewski, Dietmar Kräft, Günter Herzberg, Dieter Szwazina, Hans-Jürgen Exner, Franz Priebe, Jürgen Wolf, Joachim Dünow und Klaus Naguschewski.
