Obwohl schon 1991 die Möglichkeit bestand, den Berliner Fußball-Verband zu verlassen und statt dessen in Brandenburg zu spielen, entschied man sich auf Grund finanzieller und sportlicher Gesichtspunkte dazu, weiterhin in Berlin zu spielen. Auch in der Hoffnung, dass sich die neu formierte Mannschaft schnell findet und nach einer gewissen Phase der Eingewöhnung den Sprung in eine höhere Spielklasse schafft. Diese wurde verstärkt durch ein Freundschaftsspiel unmittelbar vor Saisonbeginn, welches gegen den Oberligisten Tennis Borussia erst nach hartnäckiger Gegenwehr 0:3 verloren ging. Auch im Pokal musste man sich dem Landesligisten Tasmania 73 nur denkbar knapp und nach Verlängerung (0: 1) geschlagen geben. Doch es sollte ein sehr schwieriges Unterfangen werden. Im “neuen” Berlin wurde auch die Spielklassen neu zusammengestellt. Eintracht kam in die Kreisliga A, in der Mannschaften aus der Bezirkslasse der ehemaligen DDR sowie aus der Kreisliga aus dem früheren West-Berlin aufeinander trafen. Der Start ließ hoffen: 120 Zuschauer sahen zum Auftakt ein 2:2 gegen den VfB Berlin, am 3. Spieltag gelang ein 5:2 gegen VSG Rahnsdorf. Doch schnell schien sich zu bestätigen, dass die Vereine aus dem Westteil der Stadt stärker waren als die aus dem Osten (letztlich sollten mit dem Lichtenrader BC, Viktoria 89, BSV 92, Germania 88, Westend 01 und Berliner AK alle sechs Aufsteiger aus dem Westen kommen). Am Ende der Hinrunde standen für Eintracht nur vier Siege und fünf Unentschieden auf der Habenseite, in der Rückrunde kamen sogar nur noch sieben Punkte dazu, so dass es am Ende lediglich zu Rang 12 reichte. Den gleichen Platz belegte man auch in der folgenden Saison, wobei sogar lange der Abstieg drohte. Erst am 11. Spieltag gelang (mit einem 3:0 gegen Göztepe) der erste Sieg, als Vorletzter (mit gerade einmal 9:21 Punkten) überwinterte man auf einem Abstiegsplatz. Erst durch eine Erfolgsserie von 9:1 Punkten zwischen dem 20. und 24. Spieltag wurde noch der Sprung ans rettende Ufer geschafft.
Doch kurz darauf drohte schon neues Ungemach. Im Herbst 1993 wurde der Saisonstart mit fünf Niederlagen völlig verpatzt. Für Peter Berndt, der 1992 Günter Höltz abgelöst hatte, sprang Hilmar Wilde als Trainer ein. Danach wurde es zwar etwas besser, aber nicht richtig gut. 10: 18 Punkte bedeuteten nach der ersten Halbserie wieder nur Platz 12. Doch zu Beginn der Rückrunde gelang mit dem 4:1 beim bis dato souveränen Spitzenreiter DJK Burgund die Wende. Vier Siege in Folge brachten den Sprung ins gesicherte Mittelfeld, wo man sich dann auch behaupten konnte. Am Ende der Saison stand endlich der erhoffte einstellige (7.) Tabellenplatz. Ähnlich verlief die Serie 94/95: Wieder eine verkorkste Hinrunde, an deren Ende man mit 12:18 Zählern gar auf einem (14.) Abstiegsrang lag, wieder eine deutliche Steigerung im Frühjahr mit zwischenzeitlich vier Siegen in Folge, schließlich abermals eine Mittelfeldplatz (9.). Die nächste Saison, bereits im Frühjahr ’94 hatte Uwe “Center” Rother das Traineramt übernommen, blieb nicht wegen ihres eher “unaufgeregten” Verlaufs frei von jeglichen Abstiegssorgen (am Ende stand dann Rang 8 zu Buche) in Erinnerung, als vielmehr wegen der Skandalspiele gegen den BSV Hürtürk. Schon das Punktspiel in Miersdorf geriet zur Farce, als die Gäste dank einiger höchst umstrittener Schiedsrichterentscheidungen 3:2 gewannen. Kurz darauf trafen beide Kontrahenten an gleicher Stätte noch einmal aufeinander, diesmal im Paul Rusch-Pokal. Die Partie endete im Eklat: Als ein Gästespieler den Miersdorfer Linienrichter tätlich angriff, wurde das Spiel beim Stande von 1:0 für Eintracht abgebrochen. Allerdings muss gesagt werden, dass solcherlei Geschehnisse zur absoluten Ausnahme gehörten. Der Pokal hatte in dieser Saison aber auch seine angenehmen Seiten: Nämlich die Partie gegen den Verbandsligisten Frohnauer SC, in der trotz des 0:3 eine beachtliche Leistung geboten wurde.
